|
|
Počítačové modelování větvených polymerů
Preisler, Zdeněk ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Netopilík, Miloš (oponent)
V této práci studujeme vlastnosti větvených polymerů v dobrém rozpouštědle. Zaměřili jsme se na problematiku související s gelovou permeační chromatografií (SEC) a predikci elučního chování náhodně větvených polymerů. Vyvinuli jsme software pro generování sobě se vyhýbajících procházek (SAW) pro libovolně větvenou architektoru bez cyklů na kubické mřížce pomocí metody Monte Carlo (MC) ověřený pomocí škálování různých architektur: lineární, 3-ramenná hvězdice, 6-ti ramenná hvězdice a asymetrická hvězdice. Vypočítali jsme distribuční koeficienty a kalibrační křivky SEC pro různé architektury a ověřili, že hydrodynamický poloměr je vhodnější pro predikci elučního objemu než gyrační poloměr. Dále jsme navrhli velice rychlou (i když přibližnou) metodu pro odhad středních hodnot gyračního a hydrodynamického poloměru založenou na výsledcích z teorie grafů korigovaných na lepší shodu s MC. Závěrem ukazujeme výpočet ochuzené vrstvky metodou MC a self-consistent field (SCF) pro polymery a jejich srovnání. Ukazujeme také jak lze zlepšit SCF výpočty pro lepší shodu s MC výsledky.
|
|
|
Počítačové modelování větvených polymerů
Preisler, Zdeněk ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Netopilík, Miloš (oponent)
V této práci studujeme vlastnosti větvených polymerů v dobrém rozpouštědle. Zaměřili jsme se na problematiku související s gelovou permeační chromatografií (SEC) a predikci elučního chování náhodně větvených polymerů. Vyvinuli jsme software pro generování sobě se vyhýbajících procházek (SAW) pro libovolně větvenou architektoru bez cyklů na kubické mřížce pomocí metody Monte Carlo (MC) ověřený pomocí škálování různých architektur: lineární, 3-ramenná hvězdice, 6-ti ramenná hvězdice a asymetrická hvězdice. Vypočítali jsme distribuční koeficienty a kalibrační křivky SEC pro různé architektury a ověřili, že hydrodynamický poloměr je vhodnější pro predikci elučního objemu než gyrační poloměr. Dále jsme navrhli velice rychlou (i když přibližnou) metodu pro odhad středních hodnot gyračního a hydrodynamického poloměru založenou na výsledcích z teorie grafů korigovaných na lepší shodu s MC. Závěrem ukazujeme výpočet ochuzené vrstvky metodou MC a self-consistent field (SCF) pro polymery a jejich srovnání. Ukazujeme také jak lze zlepšit SCF výpočty pro lepší shodu s MC výsledky.
|
|
|
Origins of vertebrate hematiopoiesis
Svoboda, Ondřej ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
(CZECH) Krvetvorba je závislá na schopnostech sebeobnovy a diferenciace krvetvorných kmenových buněk (HSCs). Tyto procesy jsou řízeny pomocí nejrůznějších mimo-buněčných a vnitro- buněčných signálů. Obecně je krvetvorba obratlovců velmi dobře konzervována. To však neplatí pro diferenciaci savčích a nesavčích erytrocytů a trombocytů. Během evoluce savců došlo k výrazným změnám během zrání těchto buněk. Savčí erytrocyty ztrácejí během diferenciace jádro a trombocyty vznikají odštěpováním z mnohojaderných megakaryocytů. Zdá se, že tyto změny přinesly celou řadu výhod, které primárně zvyšují biologickou fitness savčích buněk. Otázkou však zůstává evoluční původ těchto buněk, který jsme se rozhodli studovat na modelovém organizmu Dánia pruhovaného (zebřička). Nejprve však bylo nutné ustanovit podmínky kultivace rybích buněk ex vivo v tekutých a v polotuhých médiích. Připravili a charakterizovali jsme panel rybích cytokinů. Protože genom kostnatých ryb prošel během evoluce jednou duplikací navíc, mnoho genů nacházíme ve formě dvou paralogů. To se týká rovněž některých námi připravených cytokinů, např. Gcsf, Epo, Scf. Součástí této práce je charakterizace těchto paralogů. Naše výsledky ukazují, že rybí Gcsf je schopen kromě diferenciace myeloidních buněk se podílet také na sebeobnově a expanzi HSC....
|
host ::
RSS.